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・登場人物の名前は、大日本帝国海軍の軍艦名が由来しているものが多い
・クラスメートの名前は村上龍の小説『愛と幻想のファシズム』から
・海に関する用語からも取られている

碇シンジ（声：緒方恵美）

本作の主人公。EVA初号機のパイロットの少年でサードチルドレン。第3新東京市立第壱中学校2年A組に在籍中。碇ゲンドウ、ユイの間に生まれた子供。ユイの死とゲンドウに捨てられたという事がトラウマになっており唯一の肉親である父親のゲンドウを苦手とし作中での会話も多い方ではない、しかし本心では父と解り合いたいと思っている内向的な性格をしている。思考も後ろ向きで自虐的、他人とのコミュニケーションが苦手などと従来のヒーロー像には見られないキャラクターであるが次々と襲い掛かる過酷な状況を通じて徐々に自分の存在意義を見つけ、一人の人間として成長していく。

綾波レイ（声：林原めぐみ）

EVA零号機のパイロットの少女でファーストチルドレン(最初の被験者)。第3新東京市立第壱中学校2年A組に在籍中。いつもは無口で無表情で口数も少なくほとんど感情を表に出すことはないがネルフ司令である碇ゲンドウだけには作品開始当時から心を開いていた。外見はゲンドウの妻でシンジの母、碇ユイと酷似している。実は第2使徒リリスの魂を宿す為の器であり本作に置ける最大のキーパーソン。ちなみに肉が嫌いらしい。

惣流・アスカ・ラングレー（声：宮村優子）

VA弐号機のパイロットの少女でセカンドチルドレン(第2の少女)。第3新東京市立第壱中学校2年A組に在籍中。クォーター(ドイツ3/4、日本1/4の血)で国籍はアメリカ。14歳にして大学を卒業している天才で容姿端麗な美少女だが異常なまでにプライドが高く勝気で負けず嫌いで自意識過剰気味な性格をしている。作中終盤まではとても陽気で物語りを明るくしてくれる数少ないキャラクターであったが物語りの終わりには物言わずベッドに横たわるだけの廃人になるという悲惨な運命をたどった。『エヴァンゲリヲン新劇場版:破』では日本姓が「惣流」ではなく「式波」に改められている。口癖は「あんたバカぁ?」

渚カヲル（声：石田彰）

ゼーレから廃人となったアスカに代わるEVA弐号機のパイロットとして派遣されてきた少年でフィフスチルドレン。二人目のレイが自爆死した事で傷心中だったシンジに近づき好感を得る。レイがリリスの魂を宿す器という真実を知る人物であり、彼自身もアダム(第1使徒)の魂を宿す器である正体は第17使徒タブリス。最期は自ら死を望みシンジが操縦する初号機によって握殺された。

真希波・マリ・イラストリアス （声：坂本真綾）

『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』より登場。イギリス出身の眼鏡をかけた少女。NERVユーロ支部所属。EVA仮設5号機パイロット。能力には謎が多い。

碇ゲンドウ（声：立木文彦）

NERV総司令官でシンジの実父。任務至上主義でシンジにはつらく当たる。彼の真意はNERV副司令・冬月コウゾウのみが理解している。

エヴァンゲリオン零号機

ファーストチルドレン(最初の被験者)である綾波レイの搭乗するエヴァンゲリオン。最初に製作されたEVAのプロトタイプ(試作機)で山吹色の機体をしていたが装甲板と肩部ウェポンラックを取り付けられた際に機体色も青色に変更された。制作元についてはアダムより製作されたと作中で赤木ナオコが言っているがその時にアダムと呼ばれていたものがリリスであった事から本当はリリスから作られたという説もある。他にもコアに入っている魂が不明であったりと零号機には色々と謎が多い。

エヴァンゲリオン初号機

サード・チルドレンである碇シンジの搭乗するエヴァンゲリオン。最初に製作されたEVAシリーズの実験機でリリスより製作された。搭乗者の生命に危機が迫ると搭乗者の意思に関係無く暴走する(これは初号機のコアに入っている魂がパイロットである碇シンジの実母・碇ユイのものであるからだと思われる)。リリスから製作されたと作品内で断言されているのは初号機だけで(他のシリーズはアダムより製作されたと言われている)EVAシリーズの中で最も多くの使徒を殲滅した機体である。

エヴァンゲリオン弐号機

セカンド・チルドレンである惣流・アスカ・ラングレーの搭乗するエヴァンゲリオン。EVAシリーズの先行量産機でアダムより製作された、アスカいわく「本物のエヴァンゲリオン」である。劇場版25話では弐号機のコアであるアスカの実母・惣流・キョウコ・ツェッペリンの魂が呼応しそれまで廃人になりかけていたアスカだったが母の存在に気付いた事で復活、その直後に量産型EVAシリーズ9機に対してほぼ全て全滅させるという活躍をみせたが内部電源の活動限界を迎えてしまい蘇生した量産機に内臓を食い尽くされ最後は8本の槍によって串刺しにされ完全に沈黙した。またテレビシリーズで弐号機のパイロットであるアスカが廃人となった際にゼーレより派遣されてきた渚カヲル(使徒タブリス)が自在にシンクロ率を設定して弐号機を起動している。